La storia, ricavata dall'omonima piece di John Patrick Shanley, è ambientata nel 1964 all'interno di una scuola cattolica del Bronx dove Sorella Aloysius (Maryl Streep), la suora direttrice, pensa che un insegnante prete, padre Flynn (Philip Seymour Hoffman), dimostri troppa attenzione verso uno degli studenti, Donald Miller (Joseph Foster). Nel testo teatrale, che dal suo apparire quattro anni fa ha raccolto tutti i premi disponibili (in Italia è stato rappresentato con Stefano Accorsi nel ruolo del prete), Aloysius è presentata come una figura malvagia che combatte contro un eroico prete che viene accusato per la sua troppa attenzione verso l'unico studente nero della scuola. La madre di questo scolaro confessa alla superiora che suo figlio è gay e che apprezza le attenzioni del prete mentra a casa il padre lo picchia regolarmente per i suoi modi effeminati. Il dramma appariva quindi assai meno orientato contro lo scandalo della pedofilia ma piuttosto indirizzato contro il potere gerarchico e la misoginia della chiesa. Curiosamente a teatro il ruolo della superiora malefica era stato assegnato ad attrici lesbiche (Cherry Jones, Linda Hunt). Nel film il regista ha scelto di mettere in ombra la problematica gay sia per lo scolaro nero (che nel film non appare effeminato) che per il prete, pensando forse che per quegli anni un ruolo gay più appariscente sarebbe stato difficile da credere.
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